根据《总体方案》《实施办法》，“双一流”建设高校通过竞争优选、专家评选、政府比选、动态筛选产生。依托专家委员会，以学科为基础，确定遴选认定标准，产生拟建设高校名单及拟建设学科。
具体分为三个环节：首先，综合考虑有关第三方评价的权威性、影响力及高校认可度，论证确定采用的第三方评价结果;然后，以中国特色学科评价为主，特别是反映人才培养和学科水平的评价，酌情参考国际评价，统筹考虑国家战略、行业区域急需、不可替代性等因素，论证形成一流学科建设高校认定标准;最后，根据认定标准，遴选产生137所一流学科建设高校建议名单，随之对应产生了拟建设学科。
在一流学科建设高校建议名单基础上，综合评价论证提出42所一流大学建设高校建议。一流大学建设高校重在一流学科基础上的学校整体建设、重点建设，全面提升人才培养水平和创新能力;一流学科建设高校重在优势学科建设，促进特色发展。此后，根据专家委员会的建议，三部委审议确定“双一流”拟建设高校及拟建设学科名单。
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