发酵工程，是指采用现代工程技术手段，利用微生物的某些特定功能，为人类生产有用的产品，或直接把微生物应用于工业生产过程的一种新技术。发酵工程的内容包括菌种的选育、培养基的配制、灭菌、扩大培养和接种、发酵过程和产品的分离提纯等方面。
发酵工程专业是南京农业大学重点建设学科，几年来在学科建设、师资队伍、教学条件及人才培养方面取得了很快的发展，目前已形成了明确的研究方向以及结构合理的师资梯队。
南京农业大学发酵工程在职研究生研究方向：
酶工程及应用
微生物发酵工程
生物活性物质分离工程
课程设置：
硕士生一般应在入学后一年半内完成至少30学分，其中必修课为18学分。跨专业或同等学力录取的硕士研究生应补修至少3门本学科本科主干课程。
就业前景：
本专业培养高级科研和技术人才学科，出国比例大，各大有名高校都十分注重其发展。专业适用面广，易转专业，可以进一步学习上游的，也可以学习下游的实用工程学科。就业领域广泛，比如制药，食品，科研，或技术开发等，毕业生可以把先进高端的和应用联系起来，是非常火的专业，前景十分看好。
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