软件技术的快速发展要求软件工程师必须具备扎实的基础;同时，产业界则重点关注毕业生能否迅速融入业界环境，解决实际问题。如何在本科培养阶段兼顾这两方面的要求，是软件工程人才培养所面临的巨大挑战，也是我国软件工程教育在经历了“计算机科学教育+职业教育”的初期探索后亟待解决的关键问题。
南京大学软件工程领域工程硕士应当有较宽的培养方向，包括软件工程、系统工程、领域工程、数字化技术、嵌入式软件及应用、网络工程技术、信息安全技术，以及软件项目管理、系统分析与软件设计、软件测试、软件质量保证、系统管理与支持等方向。软件学院还可以根据政府机关、企业和市场的需求，培养软件工程相关领域或交叉领域的高级人才。
根据软件产业人才需求的特征，结合南京大学的办学特色和地域特点，南京大学软件学院设置软件工程、网络与嵌入式软件、信息系统工程等三个较宽口径的专业方向，分别对应于IEEE计算学科的软件工程二级学科，以及软件工程在计算机工程二级学科部分子领域中的应用，软件工程在信息系统与信息技术学科中的应用;具体还可以细分为软件过程、软件设计、系统软件、嵌入式软件、网络多媒体、信息技术、信息系统工程(、以及待开展的软件项目管理、电子业务)等较细口径的专业方向(课程组合)，覆盖软件工程、系统工程、网络工程、数字化技术、网络安全、数据库与信息系统、电子业务、嵌入式软件，以系统分析与软件设计等内容。
较宽口径的三个专业方向较适合于全日制软件工程硕士学历研究生，而较细口径的专业方向(课程组合)也可以方便地扩充成为针对面向领域培养或定向培养的软件工程硕士研究生。除以上专业方向外，软件学院在办学过程中，将紧密结合市场需求，动态确定并随时调整培养方向，开展针对较细节方向的人才培养，详见当年招生简章。
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