中国药科大学药学院
药学院具有药物化学、药剂学、药理学、药物分析及制药工程五大学科，其中药物化学和药剂学为国家重点学科，药理学为省级国家重点学科培育点。
药物化学、药剂学、药理学、药物分析、药物代谢动力学、制药工程、临床药学具有博士学位授予权，生物化工具有硕士学位授予权，8个本科专业，药学、药学理科人才培养基地、药物制剂、临床药学、制药工程和食品质量与安全;
中国药科大学中药学院
中药学院前身为南京药学院生药系，80年代初改名为中药系，1985年经国家教委批准，独立筹建南京中药学院
中药学院现设有7个教研室、2个研究室和3个本科教学实验中心，并附设药学博物馆与药用植物园。现有学生2300余名，其中本科生1700名，硕士生、博士生600余名。
中国药科大学国际医药商学院
国际医药商学院挂牌于1993年，其前身是中国药科大学医药企业管理干部专修科和医药企业管理系。学院精心打造特色学科和特色专业，现拥有社会与管理药学和药物经济学两个博士专业;医药企业管理、社会与管理药学和药物经济学三个硕士专业;(医药)工商管理、(医药)国际经济与贸易、(医药)市场营销、(医药)经济学、药事管理五个四年制本科专业，同时招收医药企业管理专业第二学士学位班。
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