1、以行业为导向，使社会、企业参与到整个培养过程中，这对高校传统的以学术学位研究生教育培养模式来说是很大的挑战
目前工程硕士在职研究生培养中存在的问题则为:培养目标上“高层次应用型人才”对工程硕士实践能力的较高要求，在招收对象上却与非全日制工程硕士招收的在职人员有很大差异，而是招收无任何社会经验的应届毕业生，培养形式为脱产全日制，相比较联合培养、委托培养等形式，培养中缺乏实践锻炼，拉大了学生现实能力与培养目标能力要求的水平差距，对高校原有的以课程教学为主的培养模式提出了挑战。工程硕士在职研究生实践能力培养是以行业为导向，把社会、企业纳入到整个培养过程中，这对高校来说是很大的挑战。
2、全日制工程硕士实践能力培养还未形成一个科学的、完善的体系，实践过程的监督和实践效果评价方式存在流于形式、不合理等问题
实践能力培养的最主要和重要的途径为专业实践，工程硕士在职研究生与工科本科生的培养目标有本质区别，因此对专业实践的要求也有很大的差异。本科生的专业实践时间要求要比硕士研究生短;专业实践目的，本科生更多是认知实习，学术学位研究生则主要为体验，而专业学位研究生则要求解决实际问题，并与学位标准和就业密切相关。本科生由于时间短，要求较低，己形成一个全过程管理的培养体系，全日制工程硕士实践能力培养却缺乏这样的体系，实践过程的监督和实践效果评价方式存在流于形式、不合理等问题。
3、高校现有的管理手段和方法不能满足全日制工程硕士校外实习实践
工程硕士在职研究生校外实习实践由于存在异地性，学习学生身份的特殊性，高校作为培养主体很难对这个培养过程进行组织管理、监督监控，企业又不具备培养人才的职能，运用原有的管理手段和方法，不能有效监管学生实习实践使其按照培养方案要求，因此培养质量难得到保障。
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