南京大学根据《国家发展改革委员会、财政部、教育部关于加强研究生教育学费标准管理及有关问题的通知》(发改价格【2013】887 号)，自 2014 年秋季学期起，高等学校向所有纳入全国研究生招生计划的新入学研究生(全日制学术型研究生、全日制专业学位研究生、非全日制专业学位研究生)收取学费，南京大学具体收费标准参照教育部及江苏省研究生教育学费标准管理的相关规定执行。
(1)全日制学术型研究生
南京大学按物价部门批准或备案标准收取，其中中美文化研究中心国际关系专业 4 万元/年(学制2 年)，其他专业 8000 元/年。
(2)全日制专业学位研究生
南京大学按物价部门批准或备案标准收取，其中软件工程 2 万元/年(学制 2 年)，艺术硕士(戏剧)2 万元/年(学制 3 年)，艺术硕士(美术)2 万元/年(学制 3 年)，其他类别、领域 1万元/年。
(3)非全日制专业学位研究生
南京大学按物价部门批准或备案标准收取，其中会计硕士 9 万元/年(学制 2 年)，审计硕士 8万元/年(学制 2 年)，工商管理 EMBA 20.4 万元/年(学制 2 年)，工商管理 MBA 9 万元/年(学制 2.5 年)，工商管理 MBA(国际双学位)7.4 万元/年(学制 2.5 年)，金融硕士 4 万元/年(学制 3 年)，艺术硕士(戏剧)2 万元/年(学制 3 年)，艺术硕士(美术)2 万元/年(学制3 年)，公共管理硕士 MPA 2.2 万元/年(学制 3 年)，软件工程 2 万元/年(学制 2 年)，社会工作 2.4 万元/年(学制 3 年)，应用心理 3.5 万元/年(学制 3 年)，图书情报 2 万元/年(学制 3 年)，工程管理 4 万元/年(学制 3 年)，计算机技术 1.5 万元/年(学制 3 年)，光学工程 1.5 万元/年(学制 3 年)，材料工程 1.5 万元/年(学制 3 年)，法律硕士(法学)1.6 万元/年(学制 3 年)，法律硕士(非法学)1.6 万元/年(学制 3 年)，建筑与土木工程1.2 万元/年(学制 3 年)，集成电路工程 1.5 万元/年(学制 3 年)，电子与通信工程 1.5 万元/年(学制 3 年)，新闻与传播硕士 2 万元/年(学制 2 年)，教育硕士(教育管理)1.5 万元/年(学制 3 年)。
特别注意：南京大学向纳入全国研究生招生计划的所有全日制硕士生(有固定工资收入的除外) 提供助学金(0.6 万元/年)以及学业奖学金(0.6-1.2 万元/年);优秀硕士生可申请国家奖学金(2 万元/人)、校长奖学金等各种冠名奖学金。非全日制研究生不享受助学金、学业奖学金和国家奖学金。此外，学校设有校内研究生“三助一辅”岗位和多种创新项目资助。全 日制研究生还可申请国家信用助学贷款(国家开发银行生源地信用助学贷款、中国银行校园地信用助学贷款)。
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